Việc đưa các Trạm quan trắc chuyên đề vào mạng lưới QTMT quốc gia là một trong những mục tiêu nhằm xây dựng mạng lưới quan trắc đảm bảo tính thống nhất trên phạm vi cả nước, đồng bộ, từng bước tiên tiến và hiện đại hóa cho các thành phần môi trường, đáp ứng nhu cầu thông tin, dữ liệu môi trường cho công tác quản lý môi trường trong thời gian qua. Các trạm vùng chuyên đề do các Bộ ngành khác nhau quản lý cho từng lĩnh vực riêng, địa bàn hoạt động rộng khắp cả lãnh thổ Việt Nam, bao gồm cả những vùng biển khơi. Sau đây là danh sách 21 trạm quan trắc chuyên đề.
* Mạng lưới các trạm quan trắc môi trường đất
* Mạng lưới các trạm quan trắc môi trường biển
* Mạng lưới các trạm quan trắc mưa axit
* Mạng lưới các trạm quan trắc phóng xạ
* Mạng lưới các trạm quan trắc môi trường lao động và khu công nghiệp
* Mạng lưới các trạm quan trắc môi trường nước sông